Pamuk u Muzeju nevinosti otvara najraznovrsnije teme - od društvenih tabua do neodoljive modernosti i sloboda koje su sedamdesetih osvajali i mladi Istanbulci, od metaforičkih muzejskih vrednosti do pregleda zbirki najbizarnijih svetskih muzeja, od zapleta kao na filmu do pripovesti o svetu savremene turske kinematografije. Ipak, jedna se tema izdvaja, i po njoj se ovaj roman razlikuje od drugih Pamukovih romana – to je ljubav. Istanbul je, pak, kao i uvek kad je Pamuk u pitanju, nezaobilazna velika pozornica velike priče. Ulicama istanbulskih četvrti Nišantaš, Čukurdžuma,Taksim, Harbija, Bejoglu, često krstari još jedan junak ove knjige – automobil ševrolet iz 1965, koji svojom rutom spaja ekskluzivne klubove i musave barove, luksuzne vile i sirotinjske periferijske četvrti, bioskopske bašte kojih danas više nema i mesta i scene vezane uz turski film i glumce, poslovne četvrti i ćumeze staretinara čudaka. No, ovaj roman je pre svega knjiga o vezama među ljudima, opsesijama, fetišima, emotivnoj zavisnosti, sakupljanju stvari i uspomena, sećanju i čežnji. U osnovi svega stoji fundamentalno pitanje šta je ljubav, zapravo.