Posle dvije godine putovanja po Istoku, Flober se vraća u Kroase, na obali Sene, zatvara se u kuću i od 1851. do 1856. piše svoj prvi roman Madam Bovari. Ema Bovari najupečatljiviji je ženski lik u svjetskoj književnosti, i s njom može da se mjeri samo Ana Karenjina, koju je Tolstoj stvorio nakon što je pročitao Floberov roman. Emina tragedija leži u raskoraku iluzije i stvarnosti, ponoru koji se pruža između želja i njihovog ispunjenja, a ona kao lik pokazuje prve znake otuđenja od života, što će postati sindrom tek u industrijalizovanim društvima XX vijeka. Ema je simbol nemoćne čežnje ka visinama, neostvarivih ambicija, težnje da se pobjegne od svakodnevice. Ona predstavlja onaj sanjarski dio čovječanstva, koji se često lomi pod teretom svojih očekivanja. Flober je u svom prvom remek-djelu sproveo svoju zamisao o savršenom stilu, pa je Madam Bovari ubrzo postala jedna od najuticajnijih knjiga u svjetskoj literaturi.